Я сам не специалист в этой области, но нашел некоторую информацию по этому вопросу. Вот алгоритмы действий в различных ГИС для этих целей:
1) Удаление замкнутых локальных понижених с ЦМР перед началом собственно гидрологического моделирования (Алгоритм Fill Sinks XXL (Wang & Liu))
2) Определение площади водосбора методом аккумуляцией потока (Водосборная площадь (англ. catchment area) в геоморфометрии определяется для каждой точки поверхности так, как если бы точка была замыкающим створом. В регулярно-сеточном анализе водосборная площадь определяется для отдельных ячеек ЦМР и равняется суммарной площади всех ячеек, сток из которых проходит через данную ячейку (по принципу, описанному выше). Вместо площадей ячеек можно использовать какой-нибудь весовой коэффициент. Например, если этот коэффициент представляет слой поверхностного стока, то результирующая величина будет являться объёмом стока для данной ячейки.)
https://aentin.github.io/qgis-course/hydrodem.html