Здравствуйте.
Если импортируете геологический разрез в модель Трассы, попробуйте при импорте выбрать формат Обменный формат топоматик 8.3. Если это не решит вопрос, опишите более подробно задачу (какие геологические данные из версии 9.0 имеются, каким образом была загружена геология в проект, производилась ли конвертация геологических данных из предыдущих версий программы?) нам на почту support@topomatic.ru
Так же более точно сможем указать причину, если направите проект, в котором данная проблема проявилась.