Здравствуйте,
Поставил посмотреть (да и очень хороший инструмент была ознакомительная версия, так как можно было делать по нормальному сопряжения АД и ЖД, сейчас с нынешними ограничениями это не актуально) и заметил что нет выбора конфигурации для существующего проекта. Если выбрал вначале для проекта АД, то всегда в ней и открывает.
Не совсем понятно ваше сообщение. Если под конфигурацией вы подразумеваете шаблон проекта, то он задается для проекта только при его создании (как и ранее) и влияет только на первоначальные настройки проекта и список моделей. Так как мы сделали Структуру проекта более гибкой, открыв проект с Автомобильными дорогами вы без проблем можете добавлять модели Железных дорог и увязывать между собой АД и ЖД.